El territorio que actualmente ocupa el municipio de Navojoa estuvo ocupado desde los tiempos prehispánicos por indios mayos, cuya historia está íntimamente ligada al valle y al río del mismo nombre. El nombre de Navojoa proviene de la lengua mayo de las raíces “navo”, nopal y “jova” casa; significa por lo tanto “lugar o casa de nopal”.
El 24 de septiembre de 1533 dio inicio un nuevo episodio en la historia de esta región, con la llegada de Diego de Guzmán, primer español que arribó a estas tierras. Tres años después, el célebre explorador español Alvaro Núñez Cabeza de Vaca, después de haber naufragado en una expedición a la Florida, pasó por esta región, en su camino hacia la capital de la Nueva España.
Uno de los primeros misioneros jesuitas que arribó a estas tierras fue el M.S.J. Pedro Méndez y su labor evangelizadora la inició en 1614.
La etapa independentista, por lo alejado de la capital del país, pasó desapercibida en esta región; sin embargo, en la Revolución Mexicana los habitantes de esta zona fueron una pieza clave, con el general Alvaro Obregón al frente combatieron en forma valerosa. Esto valió para que se hiciera una repartición de tierras y se iniciara la modernización de la infraestructura agrícola del Valle del Mayo.
El 24 de Septiembre de 1533 (miércoles) se da el primer encuentro de los conquistadores españoles con los yoremes de nuestra región, durante la expedición que realizaron los capitanes Lázaro Cebreros y Diego de Alcaraz.
El 15 de septiembre de 1539 una expedición al mando del AlmiranteFrancisco de Ulloa, arribó a la desembocadura del río Mayo.El 25 de Abril de 1610 los yoremes del río Yaqui firmaron un tratado de paz, mediante el cual se sometían al gobierno español y comprometiéndose a:“que no debían de volver a hacer la guerra a los mayos, sus vecinos, ni a ninguna otra nación cristiana”.
En el año de 1612 los misioneros jesuitas fundan el pueblo de Masiaca(Masiacahui – Cerro del Ciempiés) con el objeto de preparar la evangelización de los pueblos del río Mayo.
En el año de 1614, el misionero jesuita Pedro Méndez, funda el pueblo de misión de “Santa Maria de Navojohua”.
En el año de 1622 los misioneros establecen un Colegio para indígenas en el pueblo de misión de “Santa Maria de Navojohua”.
En el año de 1662 el pueblo de misión “Santa Maria de Navojoa” contiene 250 habitantes.
En el año de 1760 un nuevo censo indica que el pueblo de misión de “Navojoa” contiene 100 familias y 388 personas.
En el año de 1767 son expulsados los misioneros jesuitas del reino de la Nueva España.
En el año de 1792 se reparten a los indígenas de Navojoa y Tesia, 1,755 hectáreas.
El 31 de Octubre de 1825 de acuerdo con las disposiciones contenidas en la Constitución del Estado de Occidente, el pueblo de Navojoa es erigido con la categoría de MUNICIPALIDAD, el cual sería gobernado por un cabecilla indígena, con carácter político de Regidor, quedando bajo la jurisdicción del Departamento de El Fuerte (Sinaloa).
El 30 de Septiembre de 1830 la municipalidad de Navojoa pasa a pertenecer al Departamento de Horcasitas (Sonora), quedando bajo la jurisdicción de la ciudad de Álamos.
En el mes de Marzo de 1848 un nuevo censo señala que la municipalidad deNavojoacontenía 888 habitantes.
En el mes de Marzo de 1858 estalla la rebelión de los yoremes en contra del gobierno del estado por la intención de colonizar el Valle del Mayo.
El 8 de Febrero de 1865 el Comandante Militar del Distrito de Álamosextiende concesión de aguas sobre el río Mayo a tres hermanos de la familia Salido para aprovechar 24 litros por segundo en un punto localizado en la jurisdicción de Camoa, sobre la margen izquierda del río Mayo.
Se instala un molino de trigo en “Tres Hermanos” con un costo de $36,000.
El 28 de Agosto de 1867 se establece el Acuerdo de la Secretaría de Fomento, en virtud del cual el Gobierno Federal concede cuatro sitios de ganado mayor a los vecinos del pueblo de Navojoa.
El 14 de Mayo de 1869 la Municipalidad de Navojoa es elevada a la categoría de Municipio, de acuerdo con Decreto Num. 29 de la Ley para el Gobierno y la Administración Interior del Estado.
Se nombra como Presidente Municipal al C. Alejo Toledo.
En 1870 se instala en Navojoa (Pueblo Viejo)un molino de trigo, propiedad de la sociedad “Ortiz Hermanos”, con inversión de $30,000.
El 16 de Diciembre de 1872 un cuadro estadístico señala que en el pueblo de Navojoa funcionaba una Escuela para Varones con 29 alumnos.
El 27 de Diciembre de 1872, es nombrado Presidente Municipal el C. Alejo Toledo. El Municipio contenía bajo su jurisdicción a las Comisarías deCamoa, Bahuises, El Dátil, Capohuisa, Ballehuey y Tesia.
El 23 de Mayo de 1873 de acuerdo con la Ley Orgánica del Estado de Sonora, se le designa la categoría de PUEBLO a Navojoa, por contener más de 500 habitantes.
El 8 de Noviembre de 1876 es nombrado Presidente Municipal de Navojoa, el C. Jesús Morales.
En 1880 se instala un molino de trigo en el rancho “Santa Bárbara” propiedad del Sr. Antonio Goycolea, con inversión de $30,000.
El 5 de Octubre de 1881 es electo Presidente Municipal de Navojoa, elCoronel Antonio Rincón.
El 1° de Julio de 1879 de acuerdo con Decreto No. 71 la Municipalidad deTesia, queda bajo la jurisdicción del Municipio de Navojoa,con categoría de Comisaría.
El 19 de Febrero de 1880 nace en el rancho de Siquisiva, comisaría deCamoa, Municipio de Navojoa: Álvaro Obregón Salido.
El 6 de Febrero de 1882 de acuerdo con un cuadro estadístico funcionaban en el Municipio de Navojoa tres escuelas para varones y una para niñas.
El 27 de agosto de 1882 es electo Presidente Municipal de Navojoa el C. Juan José Díaz.
El 16 de Septiembre de 1883 toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa el C. Antonio Rincón.
En el año de 1884 el censo indicaba que el Municipio de Navojoacontenía 1,334 habitantes.
El 25 de Diciembre de 1886 son derrotados los indígenas yoremes del río Mayo. Principia la colonización del Valle del Mayo.
El 16 de Septiembre de 1888 toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa, el C. Jesús Morales.
En el año de 1890 el censo indicaba que el Municipio de Navojoacontenía 6,176 habitantes con un número de 656 personas en la cabecera.
El 27 de febrero de 1892 se establece la Parroquia de la Iglesia de San Juan; el Pbro. Adolfo Ma. Zazueta, es nombrado su primer párroco.
El 15 de Mayo de 1892 el pueblo de Navojoa es invadido por una partida de indígenas yoremes, al grito de “Viva la Santa de Cabora”.
En 1897 se instala un moderno molino de trigo en San Ignacio Cohuirimpo, movido por cilindros, propiedad de la sociedad “Morales – García Peña” con una inversión de dólares $45,000.
El 16 de Septiembre de 1899 toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa el C. Jesús Morales.
En el año de 1900 el Municipio de Navojoacontenía 8,500 habitantes con 2,955 establecidos en su cabecera. Los egresos ascendían a $ 11,655.
El 16 de Septiembre de 1900, toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa el C. Ángel Quirós.
En 1901 se establece un molino de trigo en “Mochibampo”, propiedad del Sr. Benjamín Hill, con inversión de $10,000.
El 16 de Septiembre de 1901, toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa el C. Jesús Morales.
El 16 de Septiembre de 1902, toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa el C. Pedro S. Quirós.
El 16 de Septiembre de 1903, toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa el C. Jesús Morales.
El 16 de Septiembre de 1904, toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa, el C. Leopoldo Verdugo.
En el mes de Mayo de 1905 se hace cargo de la parroquia de la iglesia de San Juan, el cura Manuel de Jesús Campoy.
El 16 de Septiembre de 1905, toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa, el C. Jesús Morales.
El 16 de Septiembre de 1906, toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa, el C. Clotilde Gaxiola.
En el año de 1906 el censo indicaba que el Municipio de Navojoacontenía 12,306 habitantes.
El 21 de Enero de 1907 los habitantes del pueblo de Navojoa, a causa de la inundación del día 19 inmediato anterior, presentó un ocurso al Ayuntamiento para que solicite un nuevo fundo legal para construir una nueva población en terreno alto cerca a la Estación del Ferrocarril.
El 7 de Mayo de 1907 arriba el primer tren a la Estación del Ferrocarril. Queda fundado el nuevo fundo con categoría de BARRIO con el nombre de Pueblo Nuevo de Navojoa.
El 11 de Septiembre de 1907 se establece la primera empresa, denominada: “Western Comercial Co.” en el barrio de Pueblo Nuevo de Navojoa.
El 16 de Septiembre de 1907, toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa, el C. Jesús Morales.
El 25 de Noviembre de 1907 el Ayuntamiento celebra sesión para adjudicar los solares del nuevo fundo.
El 6 de Agosto de 1908 un gran número de vecinos protestan por haberse aprobado una concesión a particulares para la explotación de solares del nuevo fundo.
El gobierno del Estado no la aprueba, quedando sin efecto.
El 16 de Septiembre de 1908, toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa, el C. José A. Morales.
En 1908 inician operaciones la casa comercial de don Jesús Ruy Sánchez y el Hotel propiedad de don Carlos Y. Valenzuela.
En el año de 1909 el valor fiscal de las propiedades establecidas en Navojoa alcanzaban la cantidad de $ 274,083.
El 31 de Agosto de 1909 al celebrarse las elecciones municipales cuatro regidores con carácter de oposición forman parte del Ayuntamiento de Navojoa,estableciendo mayoría.
El 16 de Septiembre de 1909, toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa, el C. Pedro S. Quirós.
En el año de 1910 el censo indicaba que el Municipio de Navojoacontenía 10,882 habitantes con 2,430 en la cabecera. Los egresos ascendían a $38,466.
El 8 de Enero de 1910, en la madrugada, desciende en la estación del ferrocarril de Pueblo Nuevo de Navojoa el candidato a la presidencia de la República C. Francisco I. Madero.
El 4 de Febrero de 1910 renuncia a su cargo de Regidor el C. Benjamín G, Hill para fundar el Partido Antirreeleccionista de Navojoa.
En el mes de Marzo de 1910 se hace cargo de la parroquia de la iglesia de San Juan, el cura Agustín Mayer.
El 16 de Septiembre de 1910, toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa, el C. Pedro S. Quirós.
El 27 de Septiembre de 1910 el barrio de Pueblo Nuevo de Navojoa es elevado a la categoría de COMISARIA, siendo nombrado Comisario el C. Jesús Ruy Sánchez, y como suplente el C. Jesús Ma. Tena.
El 12 de Noviembre de 1910 un grupo de ciudadanos navojoenses se une para formar parte del cuerpo en armas para la lucha contra la dictadura porfirista.
En 1910, en el Valle del Mayo había 19 canales que hacían un total de 167 kilómetros construidos, irrigaban una extensión de 12,960 hectáreas con un gasto de 57,360 litros por segundo.
En 1911 se instala un molino de trigo, de piedra y cilindros, en la hacienda “Rosales” con una inversión de dólares $15,000, propiedad de los hermanos José Maria, Epifanio e Ildefonso Salido.
El 10 de Enero de 1911 son aprehendidos varios ciudadanos navojoenses y conducidos a la Penitenciaria de Hermosillo.
El 11 de Enero de 1911 don Severiano Talamante, con un reducido número de hombres ataca la plaza de Navojoa. Son derrotados y se refugian en la sierra, emprendiendo el rumbo hacia Sahuaripa. 72 navojoenses emprenden la marcha.
El 29 de Enero de 1911 tras un asedio de fuerzas del gobierno por espacio de tres días, las cuales logran tomar la plaza de Sahuaripa; es aprehendido don Severiano Talamante junto con sus dos hijos y son pasados por las armas. Mueren tres grandes navojoenses: nacen “Los Mártires de Sahuaripa”.
El 17 de Mayo de 1911 el coronel Benjamín G. Hill toma la plaza de Navojoa, tras un combate que inició el día 15. Triunfa la causa maderista.
El 14 de Septiembre de 1911 se hace cargo de la Presidencia Municipal de Navojoa el C. Ramón Gómez Nolasco.
En el mes de Noviembre de 1911 se hace cargo de la Iglesia de San Juan, el cura Melesio Monge.
El 10 de Enero de 1913 nace en la ciudad de Hermosillo el C. Prof. Francisco Alfredo Larrañaga, Primer Cronista de la Ciudad de Navojoa.
El 18 de Septiembre de 1913 arriba a Navojoa, procedente de Coahuila el C. Venustiano Carranza.
El 6 de Noviembre de 1913, es nombrado Presidente Municipal Interino, de Navojoa, el C. Juan José Rosas. (A causa del estado de guerra imperante)
El 11 de Enero de 1914, arriban a Navojoa, procedentes del centro del estado los generales Felipe Ángeles, Lucio Blanco, Salvador Alvarado, y Rafael Buelna que acompañan al C. Venustiano Carranza. Los yoremes mayos realizan una exhibición al Sr. Carranza de un combate a base de arcos y flechas.
El 16 de Marzo de 1914 el general Álvaro Obregónarriba a Navojoa con el fin de dar principio al reclutamiento de hombres para la Revolución.
El 21 de Noviembre de 1914 el Gobernador y Comandante Militar del Estado de Sonora Benjamín G. Hill decreta la supresión de las Prefecturas Políticas y establece el Municipio Libre.
El 23 de Enero de 1915 el coronel Roberto Cruz, a las órdenes del general Ángel Flores, toma la plaza de Navojoa.
El 19 de Abril de 1915, cuatro mil hombres se lanzan sobre la sitiada plaza de Navojoa, los maytorenistas toman Pueblo Viejo, Buenavista, San Ignacio Cohuirimpo y parte del nuevo fundo de Navojoa. Se combatió toda la tarde y parte de la noche. En la madrugada del día siguiente las fuerzas del general Ángel Flores rechaza a los atacantes y los obliga a huir precipitadamente. Entre las 300 bajas del enemigo algunas decenas son enterrados y cremados en la noria de la Plaza de Armas.
El 17 de Junio de 1915 el general Ángel Flores lanza una ofensiva sobre la hacienda de Rosales. En el mes de Agosto se efectúa el último combate en la cuenca del río Mayo. Flores desaloja al enemigo en Citavaro.
El 30 de Septiembre de 1915 toma el cargo de Presidente Municipal Interino del Municipio de Navojoa, el C. Alejandro Velderráin Campoy.
El 1° de marzo de 1916 es cerrado el templo de Navojoa, a igual que los del resto del estado, por órdenes del Gobernador P. E. Calles.
El 29 de Julio de 1916 el Municipio de Navojoa, es declarado Municipio Libre, por acuerdo del Decreto No. 64 del Gobierno del Estado de Sonora. El 1° de octubre de 1916 toma el cargo de Presidente Municipal de Navojoa el C. Demetrio Esquer.
El 22 de Octubre de 1917 se forma una Comisión para la construcción de una plaza pública.
El 5 de Noviembre de 1917 se fijan los solares para la construcción de un Mercado Municipal.
El 14 de Noviembre de 1917 el Ayuntamiento propone al Gobierno del Estado, el cambio de nombre de “Pueblo Nuevo de Navojoa” por el de“Navojoa Nuevo”.
El 1° de Enero de 1918 el Gobierno del Estado publica decreto mediante el cual el “Pueblo Nuevo de Navojoa” denomine “NAVOJOA”y autoriza el cambio de lugar de los poderes municipales al nuevo fundo.
El 2 de Enero de 1918 toma su cargo como Presidente Municipal (electo) elC. Roque Ibarra.
El 17 de Enero de 1918 queda constituida una nueva colonia, la que llevará el nombre de “Colonia Hidalgo”.
El 12 de Julio de 1918 sustituye al C. Roque Ibarra, el C. Inocente Amparán, a causa de la renuncia por enfermedad del primero.
El 16 de Septiembre de 1918 toma posesión del cargo de Presidente Municipal (electo) el C. Ricardo L. Chávez.
El 9 de Noviembre de 1918 se re inician los oficios religiosos en la casa particular del Sr. Jesús Ruy Sánchez. (Los templos duraron cerrados desde el 1° de Marzo de 1916).
El 16 de Septiembre de 1919 toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa el C. Ignacio L. Gómez.
El 21 de Marzo de 1920 el plano oficial de la ciudad de Navojoa conteníacinco colonias: Reforma, Constitución, Juárez, Hidalgo y Rosales.
El 8 de Abril de 1920 el General Plutarco Elías Calles, ordena al General Roberto Cruz, inicie la movilización del personal reclutado en la región, y lo concentre en la población de Navojoa. (Crisis Sonora y Carranza).
En el mes de Junio de 1920, el día del Sagrado Corazón de Jesús, se realizan los primeros oficios religiosos en el templo católico en construcción.
El 16 de Septiembre de 1920 toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa el C. Francisco F. Ortiz.
El 26 de Septiembre de 1920 se publica el decreto mediante el cual el pueblo de Navojoa es elevado a la categoría política de VILLA. Con efectos a partir del 1 de Diciembre de 1920.
El 1 de Diciembre de 1920 toma posesión del cargo de Presidente de la República el navojoense C. Álvaro Obregón Salido.
El 19 de Junio de 1921 se establece la Cámara Agrícola y Comercial del Río Mayo. Nombra como Presidente Honorario al C. Álvaro Obregón.
El 16 de Septiembre de 1921 toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa el C. Román Yocupicio.
En 1921, el Municipio de Navojoa de acuerdo con Censo levantado, indica que contenía 18,829 habitantes, de los cuales 5,334 pertenecían a la cabecera municipal.
El 23 de Diciembre de 1921 el Ayuntamiento formaliza contrato provisional para el establecimiento del servicio eléctrico en la Plaza 5 de Mayo y en la Escuela Oficial para Varones Talamantes”.
El 5 de febrero de 1922 es inaugurada la “Escuela Oficial para Varones Talamantes”.
El 17 de Julio de 1922 inicia operaciones la Agencia Pierce Oil Company en sociedad con Byerly Hermanos, para la venta de petróleo, aceites lubricantes, vaselina y parafina, pinturas y grasas, estufas y lámparas.
El 29 de Julio de 1922 el Presidente de la República Álvaro Obregón Salido, compra residencia en Navojoa, previendo su retiro.
El 16 de Septiembre de 1922 toma posesión del cargo de Presidente Municipal de Navojoa, el C. Leobardo Tellechea Nolasco.
El 11 de Julio de 1923 sale publicado en el Diario Oficial del Estado, el decreto número 128, mediante el cual la Villa de Navojoa es elevada a la categoría de CIUDAD.